Die Meeresüberwachung wird seit 1986 durchgeführt, und seit vielen Jahren überfliegen die Dornier 228 praktisch täglich die Nord- und Ostsee auf der Suche nach illegalen Verschmutzungen.
Wenn die Dornier 228-Besatzung im Meer eine Verschmutzung erkennt, beispielsweise Öl, meldet sie diese und startet gegebenenfalls ein Verfahren zur Beweismittelaufnahme. Die Flugzeuge sind mit zahlreichen Sensoren ausgestattet, wie beispielsweise Radar und Infrarotkameras, welche bei der Aufklärung und Beweismittelaufnahme eine wichtige Rolle spielen. Über 5300 Schadstoffeinträge wurden seit Beginn der Überwachungsflüge gefunden. Die Zahlen gehen seit Jahren zurück.
Neben den täglichen Überwachungsaufgaben setzt das Havariekommando die Dornier 228 vor allem auch bei Unfällen auf See oder anderen maritimen Schadenslagen ein. So zuletzt beispielsweise im Dezember 2022 im Nord-Ostsee-Kanals bei Brunsbüttel, wo es zu einer Öl-Verschmutzung gekommen war.
Die Dornier 228 wird in Oberpfaffenhofen nun von General Atomics AeroTec Systems hergestellt. Aktuell sind circa 150 Dornier 228 weltweit im Einsatz, wo sie für Warentransport, Aufklärungs- und Erkundungsflüge sowie Spezial- und Missionseinsätze genutzt werden.