Im Rahmen des AF-1-Programms (die Bezeichnung der Marinha do Brasil für die McDonnell Douglas A-4 Skyhawk) wurden sieben Maschinen modernisiert – fünf einsitzige AF-1B und zwei doppelsitzige AF-1C.
Die Flugzeuge erhielten neue Systeme für die Navigation und den Waffeneinsatz sowie neue Computer und bessere taktische Kommunikations- (Rohde & Schwarz) und Sensorsysteme, einschließlich eines Multimode-Radars (ELTA Systems ELM-2032) und eines neuen Betriebssystems. Zusätzlich zur Modernisierung wurde die Zelle grundüberholt, was die Nutzungsdauer des Flugzeugs verlängert.
Im Rahmen des von Embraer durchgeführten Modernisierungsprogramms wurde ein Flugsimulator entwickelt, der es der brasilianischen Marine ermöglicht, Piloten zu schulen und so die Sicherheit bei ihren Einsätzen zu erhöhen. Außerdem wurden Briefing- und Debriefing-Stationen bereitgestellt, um deren Nutzung der Flugzeuge zu verbessern, die Kosten zu senken und die Effektivität der Missionsplanung und -durchführung zu erhöhen.
Embraer erhielt im April 2009 einen Auftrag im Wert von 106 Mio. US-Dollar zur Modernisierung von neun AF-1- und drei AF-1A-Flugzeugen (Gebrauchtmaschinen aus Kuwait); das Programm wurde später jedoch gekürzt.
