Die erste F-35A wurde 2018 übernommen, wobei die erste Maschine im Dezember desselben Jahres im Land eintraf (die Pilotenausbildung fand anfänglich bei der USAF auf der Luke AFB statt).
Die erste F-35A-Staffel ist die No. 3 Squadron. Es folgt die No. 77 Squadron ab Januar 2021. Letztere hat am 18. Dezember nach 96983 Flugstunden ihren Betrieb mit der Boeing F/A-18A/B Hornet eingestellt.
Es wird erwartet, dass alle 72 bestellen Lightning II bis 2023 in Williamtown sowie auf der RAAF Base Tindal voll einsatzfähig sein werden. Derzeit sind knapp über 30 F-35A im Dienst.
Die F-35A wird von der Capability Acquisition and Sustainment Group im Rahmen des Projekts AIR 6000 Phase 2A/2B – New Air Combat Capability beschafft. Sie ist das erste Kampfflugzeug de fünften Generation der RAAF.