Die amerikanische Unfall-Untersuchungsbehörde NTSB teilte nach einer ersten Auswertung der geborgenen Sprach- und Datenrekorder mit, die Besatzung des landenden Flugzeugs habe in letzter Minute einen Wechsel der Landebahn auf der Naval Air Station Jacksonville angefragt. Damit sei aber eine Landebahn gewählt worden, deren nutzbare Länge wegen eines für das Training von Trägerflugzeugen am Pistenanfang aufgespannten Fangseils zeitweise verkürzt gewesen sei. Die nutzbare Pistenlänge sei von 2750 Meter auf 2380 Meter verringert gewesen.
Laut NTSB ist noch nicht bekannt, warum die Piloten den kurzfristigen Wechsel der Landebahn erbaten. Nach dem Aufsetzen bei gewittrigem Wetter hatte die Boeing 737-800 mit 143 Insassen das Pistenende überrollt, war leicht nach rechts ausgebrochen und in den direkt hinter der Piste liegenden Fluß St. Johns River gerollt. Die Insassen blieben unverletzt. Der militärische Charterflug war vom US-Militärstützpunkt Guantanamo auf Kuba gestartet. Die NTSB-Untersuchung dauert an. Wann das Wrack geborgen werden kann, ist noch unklar.