Der Airbus A321-200 mit der Kennung EI-ETJ war am 31. Oktober um 5:51 Uhr Ortszeit in Sharm el Sheik an der Südspitze der Sinai-Halbinsel gestartet und mit Urlaubern auf dem Weg nach Sankt Petersburg. 23 Minuten später verschwand er laut dem ägyptischen Verkehrsministerium in einer Höhe von etwa 9400 Metern vom Radarschirm. Daten von FlightRadar24 zeigen eine Sinkrate von 30 Metern pro Sekunde, als das Transpondersignal abbrach.

Viktor Sorochenko, Direktor des Zwischenstaatlichen Luftfahrtkomitees in Russland erklärte, die A321 sei wohl in der Luft auseinandergebrochen, da Wrackteile über einem Gebiet von etwa 20 Quadratkilometern im gebirgigen Zentralsinai verstreut sind. Es sei aber noch zu früh, daraus irgendwelche Schlüsse zu ziehen.
Die russischen Behörden haben vorsichtshalber den Betrieb von A321 durch Kogalymavia gestoppt. Die Charter-Airline fliegt unter dem Markennamen Metrojet. Die abgestürzte A321 mit der Seriennummer 663 war 1997 gebaut worden und seit 2012 bei Metrojet im Einsatz. Sie hatte bei 21000 Starts rund 56000 Flugstunden absolviert.
Wegen der Abschussbehauptung haben einige Fluggesellschaften wie Emirates, Air Arabia, Flydubai oder Lufthansa und Air France am Sonntag beschlossen, den Luftraum über dem Sinai vorerst zu meiden. EgyptAir dagegen sieht für diese Entscheidung keine Veranlassung.
Am Sonntagabend wurden die ersten Opfer des Unfalls mit einem Il-76TD-Frachter des Notfallministeriums von Kairo nach Sankt Petersburg geflogen. Bis gestern waren etwa 160 Leichen geborgen worden.